La primera evangelización del Japón fue comenzada por S.Francisco Javier y los jesuitas (s. XVI), seguidos por franciscanos y dominicos. En relativamente pocos años la Iglesia se extendió por todo el territorio japonés y algunos importantes daimyos (señores feudales) recibieron el bautismo junto con muchos de sus súbditos. Sin embargo, La persecución desencadenada por el shogun Hideyoshi alcanzó primeramente a la comunidad franciscana formada principalmente por misioneros españoles y laicos japoneses.
Tokugawa, sucesor de Hideyoshi y fundador de la dinastía que mantuvo el Japón casi completamente aislado del extranjero, continuó la persecución a la comunidad cristiana con más dureza si cabe, con el propósito de exterminarla totalmente, para afianzar sus dominios con el respaldo budista. Esta situación se mantuvo hasta la segunda mitad del siglo XIX en que hubo de ceder ante la amenaza de la fuerza naval norteamericana.
El exterminio o la abjuración de los cristianos que pretendió Tokugawa fue realizado con un control que podría compararse a los soviets, pero más cruel, ya que su objetivo sin ambiguedades era la desaparición total del cristianismo. Para ello cada año, en todos los templos budistas del Japón se realizaba el fumi-e en el que toda la población estaba obligada a profanar medallas o cruces dispuestas a tal efecto. la negativa comportaba la pena de muerte bajo torturas muy crueles.
Desde la primera generación cristiana, la devoción mariana se arraigó profundamente en los cristianos japoneses, que morían con los nombres de Jesús y Maria en los labios. La comunidades cristianas que sobrevivieron lo hicieron pasando por la triste experiencia del fumi-e durante siglos, renegando en apariencia para guardar su vida y la de sus familias.
Estos cristianos, finalmente despojados de todos sus sacerdotes, siguieron guardando las enseñanzas recibidas, la oración de cara a Jerusalén y Roma, el bautismo de los hijos y la veneración de algunas imágenes que guardaban celosamente, eran sus referencias cristianas mientras seguían esperando el dia en que llegarían nuevamente los misioneros.
Es en esta época, durante los siglos XVII al XIX, que los cristianos se proveen de imágenes marianas con la apariencia de Kannon, una antigua divinidad femenina de China, que pasó al Japón como la personificación femenina de Buda misericordioso. Su particularidad es que estas imagenes marianas, a diferencia de la verdadera Kannon, llevan al Niño en sus brazos.
Cuando llegó el primer misionero en el siglo XIX a Nagasaki, habiéndosele permitido la entrada para el servicio religioso de los extranjeros, se construyó el primer templo cristiano de esta nueva época: la Iglesia de Oura, en Nagasaki.
La imagen de la Virgen traida de Francia por el P. Petitjean fue entronizada. No tardaron mucho en aparecer unas mujeres con sus niños, haciendo preguntas al sacerdote: quién era la Señora entronizada; de dónde venía, si él estaba casado... Cuando acabaron su examen, le dijeron emocionadas: «Nosotros somos como tú, somos cristianos». La imagen de la Virgen de Oura fue llamada la "Virgen del Encuentro de los Cristianos".
Pero las autoridades japonesas no permitían la existencia de cristianos japoneses, así que comenzó la segunda persecución, en la que murieron o fueron deportados por todo el Japón muchos cristianos de Nagasaki.
Al último mártir de esta persecución, un adolescente que pasó cerca de un mes desnudo, expuesto al helado viento de Febrero, en una jaula, la Virgen se le aparecía para reconfortarlo y le prometió que él sería el último en morir y después llegaría la paz para los creyentes. Esto sucedió en la Colina de la Virgen, como se le llama actualmente, en la ciudad de Suwano, en la provincia de Yamaguchi, donde cada año los peregrinos celebran la Eucaristia en el lugar de los tormentos, escondido entre colinas a las afueras de la población.
Actualmente, son muy populares entre los cristianos católicos de Japón las advocaciones marianas traídas de Occidente por los misioneros franceses: Lourdes, la Medalla Milagrosa, etc.
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