El 12 de octubre de 1962 dieron comienzo los trabajos del Concilio como tal. Entre los principales temas y documentos a ser sometidos para la consideración de la asamblea conciliar estaban:
-La reforma/renovación de la liturgia.
-La Sagrada Escritura, comenzando por "las fuentes de la Revelación".
-El ecumenismo, o la unidad entre los cristianos.
-La colegialidad de los obispos, un tema que había quedado pendiente desde Vaticano I, cosa que le constaba a todos.
-La naturaleza de la Iglesia, de por sí y en términos de su relación al mundo contemporáneo.
-La Virgen María, un tema patrocinado por un grupo de padres conciliares.
A lo largo de las tres sesiones del Concilio entre 1962 y 1966 hubo unos temas que se echaron de lado, por una u otra razón, como el celibato del clero, que quizás en aquel momento no tuvo suficientes padres interesados y la opción preferencial por los pobres, que sí tuvo un buen número de obispos y cardenales interesados, pero que a fin de cuentas no se consideró prudente que se tratara como un tema aparte.
Hubo un intento de promover una constitución sobre el latín, aunque fuera como un documento papal motu proprio, que tampoco tuvo acogida y que el Papa descartó de inmediato. Lo mismo sucedió con el tema de la explosión poblacional y el control de la natalidad, en cuyo caso el Papa no pudo convencer a un número suficiente de padres sobre su discusión en el Concilio. Mon. Capovilla, secretario personal del Papa, indicó luego que en sus últimos meses de vida, SS Juan XXIII estuvo trabajando en una encíclica sobre el tema y el plan de nombrar una comisión internacional que examinara el asunto. Pero en eso murió. SS Pablo VI luego continuó ese proyecto.
Como un elemento residual del modo de trabajar en la Iglesia tradicional, al comienzo de la primera sesión del Concilio no se divulgó un orden específico de trabajo. Tal pareció que habría improvisación en la manera de introducir los documentos y los temas para la consideración de los padres conciliares. Curiosamente, algunos responsabilizaron de esto a los miembros de la Curia, supuestamente por su deseo de dominar la agenda y el proceso de las deliberaciones del Concilio. Otros, por su parte responsabilizaron de esto al mismo Santo Padre Juan XXIII, que de esta manera habría sido él quien habría estando buscando el control del proceso de deliberación en el Concilio. Ello evidencia que no hay que dar demasiado crédito a los que están más atentos a los roces humanos, que al contenido sustantivo del Concilio.
El hecho es que el Papa, junto a la Comisión Preparatoria, decidió proponer como primer tema el de la liturgia, porque era un tema sobre el que la mayoría coincidía y que no costaría mucha discusión lograr revisar el esquema (borrador) propuesto y llevarlo a votación en el pleno del Concilio. Y así fue… pero no fue. Es decir, se procedió a presentar la liturgia como primer tema. Pero no resultó ser un asunto que se podría despachar fácilmente. En las semanas entre octubre y noviembre de aquella primera sesión (unas cinco a seis semanas) se debatió sin parar el tema de la liturgia.
Pero antes de entrar de inmediato a ese primer tema, valga mencionar algo que por entonces tuvo un gran impacto. En la primera reunión plenaria de los padres conciliares el primer punto de la agenda consistió en la elección de los miembros para constituir los diversos comités de trabajo sobre los diferentes temas a ser tratados por el Concilio. Habría que elegir unos 160 obispos divididos en las comisiones o comités. Pero obviamente los padres conciliares no se conocían entre sí, como para proponer candidatos.
La Comisión preparatoria, representativa de la Curia, presentó una lista de candidatos, los que se suponía fuesen automáticamente respaldados en la elección que tomaría lugar. Quién sabe si esperaban un consentimiento por simple aclamación, sin tener que hacer un escrutinio. No necesariamente hubo malicia en este modo de proceder. Los miembros de la Curia estaban acostumbrados a dictar pautas y los obispos estaban acostumbrados a practicar la santa obediencia. Añádase la antipatía hacia la democracia que siempre se tuvo en el Vaticano. No era de esperarse que hubiese un gran conocimiento de los procedimientos parlamentarios.
Había un precedente para este tipo de situación y de actitud de parte de los dirigentes de la Comisión Preparatoria. En Vaticano I, unos 94 años antes, los padres conciliares se limitaron a recibir los textos ya preparados y a aprobarlos sin mayores cambios. Algunos de los obispos de entonces prefirieron volverse a sus casas, antes que quedarse para expresar alguna opinión o alguna oposición a lo que se propuso entonces.
Era de esperarse, pensaban algunos, sobre todo los miembros de la Curia, que los trabajos de los comités de redacción serían asunto de.... redactar, sin necesidad de discutir o de pensar sobre los temas. Después de todo, la verdad ya era conocida y la Iglesia poseía la verdad.
En ese contexto se presentó la lista de candidatos que conformarían los comités de trabajo en el Concilio. Todos los candidatos habían sido escogidos por los dirigentes de la Curia. Expresar el consentimiento a esto sería la primera gestión electoral del Concilio. De seguro se pensó que sería una simpe formalidad. Pero no fue así. La primera votación del Concilio fue la moción de posponer el asunto para que los padres conciliares tuvieran oportunidad de conocerse un poco más.
El mero hecho de presentar la moción para posponer la votación a los comités de trabajo se vio como una victoria de los obispos. Se vio como una expresión de su intención de trabajar con autonomía.