Durante los meses entre la primera y la segunda sesión (enero – septiembre de 1963) las comisiones de trabajo estuvieron muy activas en la revisión y preparación de los esquemas o borradores. SS Juan XXIII creó una comisión coordinadora central compuesta de seis cardenales bajo la presidencia de su Secretario de Estado, cardenal Amleto Cicognani. Esta comisión a su vez nombró subcomisiones y se encargó de organizar el material para reducirlo a 17 esquemas o borradores (eventualmente el Concilio produciría 16 documentos).
Los trabajos se adelantaron con agilidad y para el verano la mayoría de los esquemas o borradores ya tenían forma. Si vamos a ver esto se dio justo a tiempo, porque el 3 de junio murió SS Juan XXIII. De inmediato todos los trabajos se suspendieron. Pero pronto se reanudaron, ya que el nuevo papa, SS Pablo VI declaró su intención de continuar con el Concilio. De hecho, el 27 de junio anunció la fecha de comienzo para la segunda sesión, que sería el 29 de septiembre.
Para facilitar los trabajos, el nuevo papa nombró un grupo de 4 moderadores que se turnarían en la dirección de la asamblea. También creó la categoría de auditores, para permitir que laicos prominentes pudieran entrar y estar presentes durante las deliberaciones. A punto de comenzar la segunda sesión, instituyó un nuevo Secretariado para los no cristianos que complementaría el Secretariado para la unidad de los cristianos instituido por SS Juan XXIII.
La segunda sesión del Concilio se dedicaría principalmente a la consideración del borrador o esquema sobre la Iglesia. En la segunda mitad de la sesión también se trabajó sobre el esquema sobre el ecumenismo. Al final se aprobaron los dos documentos trabajados en la primera sesión un año antes, es decir, el Decreto sobre los medios de comunicación (IM) y la Constitución sobre la Sagrada Liturgia (SC).
El 29 de septiembre de 1963 se inauguró la segunda sesión del Concilio. Una vez más, igual que lo hiciera SS Juan XXIII un año antes, el papa Pablo VI en vez de utilizar la silla gestatoria, caminó el trecho del pasillo central de la basílica de San Pedro. No llevó tiara en la cabeza sino una mitra como todos los demás obispos.
Aquel primer día fue dedicado al discurso inaugural del papa. En el mismo SS Pablo VI esbozó los puntos principales de lo que quedaba por hacerse. Primero, la Iglesia tenía que definirse a sí misma mediante una declaración expresa. En segundo lugar, la Iglesia necesitaba reforma y renovación, no para destruir lo esencial sino para eliminar lo que estaba defectuoso y no merecía retenerse. En tercer lugar, había que buscar la unidad de todos los cristianos. En ese momento el papa reconoció que la Iglesia también compartía culpa en el escándalo de la separación entre los cristianos. El papa entonces pidió perdón por la parte de responsabilidad que le toca a la Iglesia en el daño causado por la división entre las iglesias. Esto último fue una expresión sin precedentes que sorprendió a muchos. Por primera vez en la historia un papa reconoció que el Vaticano también tenía parte de la culpa por la división entre los cristianos.
Finalmente el papa mencionó el importante tema del diálogo con el mundo contemporáneo. En ese contexto mencionó el contraste entre el progreso de la ciencia y la tecnología y la falta de claridad en las mentes y los corazones de los habitantes del planeta. Igualmente mencionó la solidaridad que ofrece la Iglesia a los pobres y oprimidos. La Iglesia, indicó, no está para conquistar, sino para servir, no para despreciar sino para apreciar, no para condenar, sino para salvar y dar alivio.
De esa manera el Concilio continuó su marcha en el mismo espíritu con que fue inaugurado por SS Juan XXIII un año antes. La Iglesia ya no le sería hostil al mundo, sino que asumiría una actitud de solidaridad y diálogo...
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